主要区别在于科属区别、形态区别。
1、科属区别：丝瓜为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、合瓣花亚纲、葫芦目、葫芦科、冬瓜族、丝瓜属一年生攀援草本植物。黄瓜为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、合瓣花亚纲、葫芦目、葫芦科、南瓜族、黄瓜属一年生蔓生或攀援草本植物。
2、形态区别：丝瓜枝粗糙，有棱沟，被微柔毛，单叶互生，有长柄，叶片掌状心形，雌雄同株，花冠浅黄色，瓠果长圆柱形，一般长20到60厘米，种子扁矩卵形，长约1点5厘米，黑色。黄瓜茎、枝伸长，有棱沟。卷须细，不分歧，具白色柔毛。果实长圆形或圆柱形，熟时黄绿色，表面粗糙，有具刺尖的瘤状突起，极稀近于平滑。
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