生长代谢：细胞生命活动的全部化学转化的总和称为代谢，微生物将营养物质合成细胞物质的过程，称为同化作用。即从环境到体内，由小分子合成大分子物质的过程。因此，同化作用是一个吸收能量的过程。微生物将自身的或外来的各种复杂有机物分解为简单化合物的过程，称为异化作用，即从体内到环境，由大分子物质转变为小分子物质的过程，它是一个释放能量的过程。异化作用为同化作用提供能量及原料。
共代谢：有一类物质称为外生物质或异生物质，是指一些天然条件下并不存在的由人工合成的化学物质，例如杀虫剂，杀菌剂和除草剂等，其中许多有易被各种细菌或真菌降解，有些则需添加一些有机物作为初级能源后才能降解，这一现象称为共代谢。必须在生长基质和其他可转化化合物存在下，微生物对非生长基质的转化，只有在初级能源物质存在时才能进行的有机化合物的生物降解过程。
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